Este departamento nació como Misiones Foráneas y en la Conferencia Anual de 1982, el pleno aprobó al primer misionero salvadoreño que sería sostenido por el Fondo General y en el año 1985 se dio un voto de apoyo al proyecto de Misiones de la Confraternidad de Ejecutivos de las Asambleas de Dios (CELAD).

En esa misma conferencia anual (1985) se aprobó el nombramiento de una comisión para elaborar un anteproyecto para la formación del Departamento de Misiones, la cual fue integrada por los pastores Juan Alberto Benavides, Jeremías Bolaños, Abel de la Cruz y Juan Evaristo Martínez.

Actualmente poco más de la mitad de las Asambleas de Dios de El Salvador ha abrazado las misiones mundiales como tarea fundamental de su quehacer como iglesia, aquí el mapa del involucramiento de las iglesias a nivel nacional.